宿豫區歷史積淀深厚。據考古發掘，早在新石器時代（距今10000 年到 4000 年），境內即有先民聚居，為傳說中的遠古東夷族首領少昊的活動地域之一。春秋時曾為鐘吾國的一部分，自周敬王八年（公元前 512 年）至 秦 嬴 政 二 十 四 年（公 元 前 223 年）間，相繼為吳國、楚國的屬地。秦置下相縣，城址在今宿遷市宿城區西南古城村。東晉義熙元年（公元 405 年）置宿預縣，城址在今泗陽縣鄭樓鄉，宿預縣與下相縣并置。至北齊，廢下相縣，其境由宿預縣統轄。唐寶應元年（公元762 年），為避皇帝李豫名諱改稱宿遷縣，一直沿襲至 1987 年撤縣建市（縣級）。1996 年 7 月經國務院批準，設立地級宿遷市，原縣級宿遷市劃分為宿豫縣和宿城區兩大區域。2004 年 3 月，宿豫撤縣設區。境域歷代多有變動，北宋時宿遷縣境域最大，包括今宿城區、宿豫區、新沂市的大部分和睢寧縣、泗陽縣及淮安市淮陰區的漁溝鎮等。元代劃出睢寧縣、桃園（今泗陽）縣。中華人民共和國成立初期，析出縣北境（今新沂市）部分地區，宿遷縣轄境縮小近50%。至設立宿豫區，轄境僅為縣級宿遷市的 2/3。2021 年，宿豫僅轄運河以東 10 個鄉鎮（街道），區域面積不足縣級宿遷市的 1/3。